Neben den Themen, die die Europäisch-Festländische Provinz der Brüder-Unität als ganze betreffen und die auf der Synode und in intersynodalen Ausschüssen und Arbeitsgruppen bearbeitet werden, gibt es Dinge, die besser auf regionale Ebenen gehören, weil sie nicht für alle Regionen gleichermaßen zutreffen. Typische Beispiele sind Fragen der Mitgliedschaft oder der Mitgliedsbeiträge, die in den Regionen, historisch oder auch staatlich bedingt, differenziert zu beantworten sind. Dieses Gremium ist in Deutschland die "Konferenz der Brüdergemeinen in Deutschland", umgangssprachlich die "Deutsche Konferenz". In den Niederlanden heißt ihr Pendant "Centrale Raad", in der Schweiz "Herrnhuter Brüdergemeine in der Schweiz (HBGS)". Die Arbeit der Deutschen Konferenz ist in einer Ordnung geregelt.

Jede der 16 Brüdergemeinen in Deutschland (Stand Januar 2018) entsendet unabhängig von der Zahl ihrer Mitglieder zwei Delegierte, die vom Ältestenrat  gewählt werden. Ein Delegierter sollte ein/der Gemeinhelfer (Pfarrer) sein. Die Gemeinden im Aufbau, die Sozietäten, die Haltestelle Cottbus, die Familienbeauftragte, die Jugendbeauftragten sowie die Jugend sind mit je einem stimmberechtigten Mitglied vertreten.

Die Konferenz der Brüdergemeinen in Deutschland wählt alle drei Jahre einen neuen Vorstand, bestehend aus drei Personen. Seit 2021 sind dies: Katharina Rühe, Pfarrerin der Brüdergemeine Rhein-Main, Jan-Thomas Walther, Brüdergemeine Dresden und Uta Karst, Brüdergemeine Nordrhein-Westfalen.